A Faculdade de Medicina da USP, criada em 1912, oferece quatro cursos de graduação (Medicina, Fisioterapia, Fonoaudiologia, e Terapia Ocupacional) e 27 programas de mestrado e doutorado. 

É uma célula do Sistema FMUSP-HC, o maior sistema universitário de saúde brasileiro que compreende Complexo Hospitalar de atendimento especializado (HCFMUSP), Hospital Universitário (atenção secundária), centros de atenção primária à saúde (Centro de Saúde Escola Butantã e Distrito do Butantã), Instituto de Medicina Tropical (centro especializado na pesquisa e ensino de moléstias infecto-contagiosas), 63 Laboratórios de Investigação Médica (responsáveis por atividades de pesquisa em praticamente todos os campos da saúde) e duas fundações de apoio. Esse sistema é responsável por 7,27% de toda (em todas as áreas do conhecimento) a produção científica nacional.

Em 18 de março de 2009, foi assinado Termo de Cooperação, celebrado entre a Fundação Faculdade de Medicina (FFM), a Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo (FMUSP) e o Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo (HCFMUSP), que estabelece o intercâmbio de conhecimento entre os partícipes, no âmbito de suas especialidades e capacidades técnicas, na implementação e operacionalização das ações e serviços de saúde, ensino e pesquisa do Instituto do Câncer do Estado de São Paulo. 

Conforme o referido Termo: a FMUSP fica responsável por ações de ensino e pesquisa científica do Icesp, através dos Professores Titulares dos Departamentos e/ou Disciplinas e Unidades Médicas que atuarão no Instituto.